З 1998 р. Університет митної справи та фінансів готує наукові та науково-педагогічні кадри через аспірантуру, з 2005 р. – в університеті функціонує постійно діюча аспірантура.

У 2016 році згідно із наказом Міністерства освіти і науки від 04.07.2016 р. № 771 Університет отримав ліцензію на здійснення освітньої діяльності на третьому освітньо-науковому рівні з підготовки здобувачів вищої освіти ступеня доктора філософії за новими спеціальностями, зокрема:

Спеціальність - 073 Менеджмент (проліцензовано у 2018 р. наказом Міністерства освіти і науки від 29.01.2018 р. № 90-л. Прийом на спеціальність не здійснюється).

Наразі загальна кількість аспірантів університету становить понад 120 осіб.

Рішеннями Вченої ради університету та відповідними Наказами УМСФ  в університеті відкрито ДОКТОРАНТУРУ за такими спеціальностями:

- 072 Фінанси, банківська справа, страхування та фондовий ринок;

- 081 Право;

- 051 Економіка;

- 281 Публічне управління та адміністрування;

- 076 Підприємництво та торгівля.

Для підготовки наукових та науково-педагогічних кадрів на високому науково-методичному рівні в університеті створено необхідні організаційну, наукову, матеріально-технічну та інформаційну бази: видаються журнали, проводяться науково-комунікативні заходи, виконуються НДР. З метою здійснення відповідні функції з координації діяльності структурних підрозділів щодо підготовки здобувачів вищої освіти ступеня доктора філософії та доктора наук у структурі університету функціонує відокремлений підрозділ – аспірантура.

Також в Університеті функціонують постійно діючі докторські спеціалізовані вчені ради, зокрема,

Д 08.893.01 з правом прийняття до розгляду та проведення захисту дисертацій на здобуття наукового ступеня доктора (кандидата) економічних наук за спеціальностями 08.00.02 «Світове господарство та міжнародні економічні відносини», 08.00.08 «Гроші, фінанси і кредит», 08.00.04 «Економіка та управління підприємствами (за видами економічної діяльності)».

Д 08.893.03 з правом прийняття до розгляду та проведення захисту дисертацій на здобуття наукового ступеня доктора (кандидата) юридичних наук за спеціальністю 12.00.07 «Адміністративне право і процес; фінансове право; інформаційне право»

Результати дисертаційних досліджень аспіранти можуть публікувати у фахових виданнях, які видаються Університетом:

1. Правова позиція.
2. Науковий погляд: економіка та управління.
3. Системи та технології.
4. Історія торгівлі, податків та мита.
5. Публічне управління та митне адміністрування.
6. Customs Scientific Journal «CUSTOMS»

Крім того, аспіранти університету активно залучаються кафедрами до виконання фундаментальних та прикладних наукових досліджень, які розробляються кафедрами за відповідним напрямом, зокрема:

- розвиток державних фінансів та публічного адміністрування: бюджетної, податкової та митної справи; соціального забезпечення та пенсійної системи; фінансово-економічної безпеки; їх організаційно-правового та кадрового забезпечення;

- теорія та практика розширеного суспільного відтворення: економічного зростання та розвитку; розвитку продуктивних сил, інвестиційно-інноваційних процесів; формування економічного та інтелектуального потенціалу; розвиток ресурсозбереження та науково-технічного прогресу;

- економіка та фінанси інституційних структур: банківської і страхової систем; окремих галузей, корпорацій (фінансових та не фінансових) і виробничих підприємств;

- розвиток економічного та фінансового механізмів функціонування суб’єктів господарювання: менеджменту, маркетингу, лізингу, державно-приватного партнерства, корпоративної соціальної відповідальності тощо;

• 051 Економіка
• 072 Фінанси, банківська справа, страхування та фондовий ринок
• 076 Підприємництво та торгівля
• 081 Право
• 281 Публічне управління та адміністрування
• Іноземна мова